به‌منظور پیشرفت در مسیر برنامه‌های بلند مدت کشور و همینطور راهبرد کشور به منظور برتری تا انتهای برنامه‌های توسعه جاری در منطقه، اهداف اختصاصی این مرکز مشخص شدند؛

• كسب جايگاه مناسب در عرصه ملي و منطقه اي در حوزه هاي تخصصي علوم و فماوری‌های نوین پزشکی
  
•  انجام تحقيقات پايه و كاربردي در زمينه فناوري های نوین پزشكي براساس احتياجات كشور و نيازهاي جامعه پزشكي
•  فراهم كردن زير ساخت‌های سخت افزاري و نرم افزاري در جهت تولید فناوری های نوین پزشکی متناسب با برنامه های تدوین شده
•  تلاش در جهت انتقال تکنولوژی به منظور بومی سازی فناوری های پزشکی
•  تلاش در جهت توسعه همكاري‌هاي پژوهشي بين المللي در راستای برنامه‌ها و سیاست‌های کلان علمی و پژوهشی کشور
•  ارتقای سطح دانش متخصصین در زمینه فناوری های نوین پزشکی
•  ارتقاي كيفي پژوهش در حوزه فناوری های پزشکی
•  انجام طرح های پژوهشي مرتبط با صنعت
•  افزايش انتشارات(شامل مقالات و كتب)
•  انتشار مجله علمي- پژوهشي فناوری های نوین پزشکی
•  ارايه آموزش هاي تخصصي براساس درخواست سازمان هاي علمي يا اجرايي
• ارایه آموزش هاي لازم جهت اعضاي هيات علمي و كاركنان مركز